Le nom de Saint-Philbert-de-Grand-Lieu vient de Saint Philibert de Tournus (vers 616-vers 684), évangélisateur du Pays de Retz, descendant d’une famille noble d’Aquitaine, et fondateur de la paroisse de Noirmoutier.
La ville, qui s’appelait auparavant Déas (ancien nom de la ville, d’origine gallo-romaine), a pris le nom du saint lors de l’installation de moines de l’abbaye de Noirmoutier en 800.
Grand-Lieu est le nom du Lac de Grand-Lieu voisin de la ville.