(suite de l'article : Avant la révolution française).
Les détenus de Noirmoutier sont tous conduits en prison sur dénonciation.
Un individu pouvait avoir jusqu’à 20 dénonciations contre lui sans nécessité de les prouver.
A la reprise de l’île par les républicains le 3 janvier 1794, trois représentants du peuple arrivent à Noirmoutier.
Pierre-louis Prieur de la Marne, Louis Turreau et Pierre Bourbotte.
Ces députés, envoyés par la Convention en province, contrôlent l’exécution des décisions du pouvoir central, le Comité de salut public.
En seulement 6 jours, ils mettent en place la "justice révolutionnaire" par le biais des commissions militaires.
Les républicains en place sur l’île et réunis dans les commissions militaires déclarent chaque personne suspecte de façon expéditive sans réel jugement.
La première commission militaire (04 janvier 1794).

Cette première commission est davantage commandée par la vengeance que par l’esprit de justice.
Elle est à l’origine de 1800 royalistes exécutés sur l’île.
Les très rares documents conservés sur l’activité de cette commission nous permettent d’indiquer que tous les prisonniers ont été envoyés à la mort. Les deux commissions militaires suivantes.
La commission "Collinet" du 30 avril 1794.
A la différence de la première commission, elle est constituée d’un tribunal avec un greffier en chef du nom de Rousseau, un accusateur public, un secrétaire-adjoint et un commis huissier.
Elle se doit de juger tous les prévenus incarcérés dans les 3 maisons d’arrêt de l’île (le château, l’église et la maison de Tinguy).
Elle prononce 26 peines de mort, 20 détentions et 45 acquittements.
Il faut ajouter à ce décompte, la forte proportion de décès dans les prisons.

La commission "d’Angers" (10 juin1794).

Les représentants du peuple estiment la commission "Collinet" trop lente et les membres sont renouvelés.
Son président et son vice-président sont nommés au tribunal révolutionnaire de Paris à compter du 24 juin, empêchant ainsi la commission de se réunir à Noirmoutier.
Il faut attendre la nomination d’un nouveau président et d’un nouveau vice-président le 11 juillet pour que la commission reprenne ses activités.
Au total, elle a prononcé 49 peines de mort, un nombre incalculable de détentions, 18 déportations et 576 remises en liberté. Depuis 1793, la guerre a épuisé les troupes et le pays.
Robespierre est arrêté et guillotiné en juillet 1794.
Les membres du Comité de salut public, acteurs de la Terreur, sont jugés et exécutés.
Au mois d’août 1794, Hoche et Canclaux, tous les deux favorables à une politique de pacification, se voient confier respectivement l’Armée des Côtes de Brest et l’Armée de l’Ouest.
La fin de l’année 1794 voit l’arrivée au pouvoir de révolutionnaires modérés qui vont gracier les prisonniers.
Le contexte devient alors favorable aux discussions pour ramener la paix.
Un nouveau climat sur le plan international, la France est en conflit avec les monarchies d’Europe depuis 1792.
Au milieu de l’année 1794, la France connaît une série de victoires.
Au début de l’année 1795, plusieurs traités de paix sont signés.

La France peut ainsi mobiliser davantage de forces en Vendée.
Sur le plan national, un mouvement plus modéré s’installe.
Le voile est levé sur les atrocités commises contre les royalistes (hommes, femmes, enfants).
L’opinion publique condamne les massacres réalisés au nom de la République.
Le traité de la Jaunaye (12-17 février 1795) Charette, reconnu général en chef de l’Armée catholique et royale du Bas-Poitou, est convoité par les républicains pour engager des négociations.
Celles-ci se déroulent près de Nantes, au château de la Jaunaye, en février 1795, à la demande des républicains.
Ils s’engagent à laisser libre le culte des prêtes réfractaires, à ne pas lever de soldats ni d’impôts pendant 10 ans, à accepter que les soldats vendéens soient chargés du maintien de l’ordre dans la région.
En contrepartie, les Vendéens de Charette doivent reconnaitre la République.

Le "Traité de la Jaunaye" rejette la cause de la guerre sur les "terroristes vaincus" (sans-culottes et amis de Robespierre).
Il conclut à l’intégration des Vendéens armés dans la garde territoriale, à l’indemnisation des habitants (20 millions de Francs prévus) ainsi qu’à une aide pour la reconstruction et au retour de leurs biens.
Ce traité est ratifié par les troupes vendéennes de Sapinaud de la Verrie.
Stofflet ainsi qu’une partie des officiers de Charette attendent le 2 mai 1795 pour signer la paix.
À partir de l’été 1795, Charette reprend la lutte.
Les exécutions de Stoffet et de Charette, début 1796, permettront de renouer avec la paix.
Elle revient difficilement et il faut attendre plusieurs années pour que la région revienne sous contrôle.
Le "Traité de Montfaucon" en janvier 1800, signera véritablement la fin de la guerre de Vendée.
La Révolution française a entrainé des bouleversements dans la société.
Les droits et privilèges féodaux ont été abolis.
Les revenus financiers qui leur sont attachés sont supprimés.
Des émeutes ont éclaté, des hôtels particuliers sont pillés.

Les membres de la noblesse craignent pour leurs biens et leur personne et vont alors émigrer vers les monarchies d’Europe.
Le frère du roi, le comte d’Artois, les courtisans comme Paulignac quittent la France dès 1789.
Les principautés allemandes, les états de la couronne d’Autriche ou d’Angleterre sont des refuges où tous affluent dès que le roi tente la fuite de Varennes en 1791.
Abbés, militaires, hommes de cour, de loi ou de finance, de Versailles, de Paris mais aussi de province suivent cette nouvelle vague d’émigration et "prennent les chemins de Coblence".
Une partie des émigrés va ainsi combattre la Révolution française de l’extérieur, l’autre tente de se mettre à l’abri.
Face à cette émigration et ces armées menaçant la République, des lois sont votées pour restreindre la mobilité des nobles, confisquer les biens des émigrés, puis finalement pour les condamner à mort.
Les royalistes restés en France espèrent des secours apportés par la royauté anglaise.

L’île de Noirmoutier, un espoir ?
La conquête de l’île par Charette en octobre 1793 vaut de l’or pour les troupes royalistes.
Noirmoutier est un port et apporte un espoir pour l’arrivée des secours.
Les royalistes étaient en situation de communiquer avec le dehors et de recevoir les secours dont ils avaient besoin pour poursuivre la guerre contre les troupes de la Révolution.
Sachant que le comte d’Artois se trouve près des côtes anglaises, Charrette va solliciter le secours de l’Angleterre depuis l’île de Noirmoutier.
Pour le débarquement des émigrés, l’Angleterre préfère la Bretagne à la Vendée trop éprouvée par la guerre.
Les républicains mettront un terme à toute tentative de débarquement anglais le 21 juillet 1795 à Quiberon.

L’expédition de l’île d’Yeu.
Le 12 septembre 1795, à bord du navire-amiral anglais Jason, le comte d’Artois rejoint l’île d’Houat, refuge des émigrés après la défaite de Quiberon.
Depuis l’île d’Houat, une attaque des royalistes est prévue pour reprendre Noirmoutier le 17 septembre 1795.
L’attaque se fera à partir du 22 septembre.
Le 02 octobre, le comte d’Artois descend à l’île d’Yeu dans l’attente de Charette afin de prévoir un débarquement sur les côtes vendéennes.
Les lettres de Charette n’arrivent pas jusqu’à lui et les côtes vendéennes se trouvent jalonnées par les troupes républicaines.
Le comte d’Artois est contraint de rentrer en Angleterre en novembre 1795 laissant les royalistes sans aucune aide.