Il est d'abord abbé du monastère de Rebais où la rude règle de saint Colomban est en vigueur.
Avant de fonder de nombreux monastères, notamment à Jumièges et à Noirmoutier, il écrit une règle monastique toujours stricte mais adoucie par certaines dispositions de la règle de saint Benoît.
A sa mort à Noirmoutier en aout 685, à l'âge de 70 ans, son corps est déposé dans un sarcophage de marbre bleu des Pyrénées pensant deux tonnes. 

815-836 : Construction de l'abbaye de Déas pour accueillir les moines de Noirmoutier fuyant les invasions vikings.
836 : Installation des moines noirmoutrins et du sarcophage de saint Philibert.
Nombreuses guérisons miraculeuses.
836-841 : Adaptation de l'église abbatiale pour le pèlerinage et construction d'une crypte.
847 : Dévastation du monastère par les Vikings, fuite provisoire des moines vers Cunault.
858: Retour des moines pour récupérer les reliques de Saint Philibert et crypte emmurée pour protéger le sarcophage.
858 à 875 : Périple des moines avec les reliques jusqu'à Tournus en Bourgogne et Déas devient un prieuré de Tournus.

Lorsque vous allez la première fois voir Saint-Philibert, il est de tradition de passer sous le sarcophage en formulant un vœux.

Il parait qu'il est réaliser avant le fin de l'année.